Implementatie van nanopore-sequencing op het Tuberculose Referentielaboratorium in Kirgizië voor het Droomfonds-project

Voor het Droomfonds-project 'Nooit meer een Pandemie’, gefinancierd door de Nationale Postcode Loterij, bezochten Kristin Kremer, projectleider, en Noud Hermans, promovendus, van 11 tot 22 september Bishkek, Kirgizië, om de implementatie van nanopore-sequencing met behulp van een MinION-apparaat te ondersteunen. [caption id="attachment_26218" align="aligncenter" width="2044"] Introductiegesprek met het nationale tuberculoseprogramma (NTP) en de directeuren van het nationale referentielaboratorium (NRL) en het NTP (links) en groepsfoto bij het NRL, Bishkek, Kirgizië, 11 september 2023.[/caption]

Week 1

Het KNCV-hoofdkantoor projectteam startte hun bezoek met een bijeenkomst met het nationale TBC-programma (NTP) om het projectteam voor te stellen en de planning van het bezoek te bespreken. Tijdens de eerste week van hun bezoek ondersteunden zij het NRL-team bij het uitvoeren van de eerste twee nanopore-sequencing experimenten ooit in Kirgizië en deze waren succesvol! [caption id="attachment_26208" align="aligncenter" width="745"] Laboratoriumpersoneel dat de eerste twee nanopore-sequencing experimenten uitvoert in Kirgizië, 12-15 september 2023; Noud Hermans legt de MinKNOW-software uit aan Altyn Iskakova (linksboven), Altyn en Gulbarchyn Saparova die patiëntenmaterialen aanbrengen op de flow-cel in het MinION-apparaat (respectievelijk rechtsboven en onder foto's), en Altyn en Gulbarchyn starten de PCR-machine (middenboven).[/caption] Het projectteam bracht ook een bezoek aan het laboratorium van de Rijksdienst voor Epidemiologie (SES) waar zij onder andere spraken met het hoofd van de SES en het hoofd van het virologielaboratorium. De SES zal een belangrijke rol spelen bij het sequensen van SARS-CoV-2-en andere pathogenen later in het project. Daarnaast bespraken Kristin, Noud en de teams van NRL en KNCV Kirgizië de eerste resultaten van nanopore-sequencing en bereidden ze de activiteiten voor de volgende week voor. Aan het einde van de eerste week presenteerde Kristin het Droomfondsproject en de eerste resultaten van nanopore-sequencing in Kirgizië aan vertegenwoordigers van het Kirgizische Nationale TB-programma.

Week 2

De tweede week begon met een officiële lancering van een halve dag van nanopore-sequencing. Hierbij vond een rondetafelgesprek plaats met ruim 35 relevante nationale belanghebbenden. Presentaties van de NTP- en NRL-directeuren, maar ook van KNCV, het Rijksinstituut voor de Volksgezondheid en het Milieu (RIVM) en Oxford Nanopore Tecnologies (ONT), werden gevolgd door levendige discussies. Alle hoofden van laboratoria, vertegenwoordigers van het NRL en KNCV Kirgizië bleven nog een halve dag aan voor een algemene training over next-generation sequencing en ervaringen met sequencing in de Kirgizische Republiek. Tijdens deze training kregen de deelnemers de theoretische achtergrond en inzicht in de laboratoriumprocedures van de next-generation sequencing-technologieën, waaronder nanopore-sequencing met behulp van MinION-apparaten en het verschil tussen sequencing van het hele genoom en gerichte sequencing. Verder werden ervaringen met next-generation sequencing in de Kirgizische Republiek gepresenteerd. Gedurende de volgende drie dagen werden acht mensen, waaronder vier personen van sub-nationale laboratoria, getraind in de theorie en praktijk van nanopore-sequencing voor de diagnose van resistente tuberculose met behulp van de MinION, inclusief de data-analyse. [caption id="attachment_26220" align="aligncenter" width="2476"] Foto's van de eerste nationale training over nanopore-sequencing in Kirgizië, 19-21 september 2023. De training werd verzorgd door Altyn Iskakova (die presenteert op de twee linker foto's), Noud Hermans (die presenteert op de rechter foto) en Kristin Kremer. Onder de deelnemers bevonden zich personen van het NRL, sub-nationale laboratoria en KNCV Kirgizië (foto links).[/caption] Tijdens het bezoek van het KNCV-hoofdkwartierteam aan Kirgizië werden ook de projectplanning, het studieprotocol en de plannen voor de twee promovendi besproken. Daarnaast werden het laboratoriumwerk en de trainingen geëvalueerd. Er werd geconcludeerd dat de trainingen succesvol waren en dat de eerste resultaten van de ONT-test voor tuberculose veelbelovend waren. Cruciaal was dat het laboratoriumpersoneel de test zelf kon uitvoeren en dat de eerste lokale klinische monsters werden getest.